쿠보타성이 있는 신메이야마 산은 약 40m정도로 기복이 있는 3개의 언덕이 있는 산이라는 이유로 미쓰모리야마(三森山)라는 별명으로도 불렸습니다. 성의 축조는 1603년5월부터 착공하여 1604년 8월에 완성했습니다.
혼마루 (본관)는 신메이야마 산 정상의 땅을 편평히 하고 흙을 쌓아 편평하게 하여, 너비는 동서로 117 미터, 남북으로 215 미터의 장방형으로 주위에는 , 약 7.3m에서 11.8m의 흙제방을 쌓아 축조하였습니다.
혼마루의 건조물은 정문으로 들어가면 정면에 현관이 놓여있고 정무를 보는 정무소가 있으며, 연못이 위치한 중앙부분에는 혼마루고덴이라고 하는 번주의 거주 공간이 있었습니다. 또한 제방 위에는 다몬나가야와 병기고를 겸한 오스미야구라라고 하는 망루를 설치하였습니다. 서남쪽에는 서원식 2층구조의 서원이 있습니다. 성곽 경내에는 정문, 뒷문, 우즈미몬이라는 탈출용 비상문, 오비쿠루몬의 4개의 문과 망루로 통하는 문을 포함한 5개의 출입구가 있었습니다.
