久保田城所在的神明山，是由三个高地形成海拔约40米左右的有起伏的台地地形，也被称作三森山。
建城是在庆长8年（公元1603年）5月开工，于翌年庆长9年（公元1604年）8月竣工。
本丸是将最高处削平、堆土，再平整而建造的。东西65间（约117米）、南北120间（约215米），几乎呈长方形，四周筑有高4～6间半（约7.3米～11.8米）的土垒。
本丸的结构是在从正门入内的正面设有玄关，并设置了政府部门的办事机构，在建有池塘的中央部位，设有藩主居住的本丸御殿。另外，设有多闻长屋（在城的石墙上所建造的长屋，通常做为兵器库和城墙使用）和板墙将土垒的顶部围起来，在重要的地方设置隅橹（瞭望塔），像是在西北角设有兼作兵器库的御隅橹。在西南角的土垒上，建有被称为橹座敷的书院风格两层楼建筑的「御出书院」。
出入口在周边有正门（一之门）、后门、埋门、带曲轮门这四个门，也有通往御隅橹的小门。
