红砖馆的基础工程据说花费了一半的工期和工程费，极尽精心地采取了抗震措施。
地基向下挖掘深度约2m，将18㎝粗、3.7m长的原木松树桩子以60cm间隔打下3排，用栗石加固，在此之上再浇筑较厚的混凝土，先砌11层基础砖，之后砌上外墙砖。
地板的土层夯实部分，全面采用水泥砂浆覆盖，完全防止从土中释放潮气，是抗震、防潮的构造。
外墙为两块砖宽（410～440㎜），为了弥补砖结构自身的弱点，在砌砖之间水平方向上敷设带钢，在墙体的交差部位竖立垂直方向的钢筋，将带钢紧固为＃（锐角）型，使各砖块之间固定。因此，在建成后，虽历经男鹿海地震和日本海中部地震等强度较大的地震，建筑物依然牢固，没有一丝裂纹。
