紅磚館的基礎工程據說花費了一半的工期和工程費，只為了極盡所能地增加抗震措施。
在地基向下挖掘深度約2m處，將18㎝粗、3.7m長的原木松樹樁子以60cm間隔打下3排木樁，並且用栗石加固，在此之上再澆置較厚的混凝土；先砌11層的基礎磚，之後砌上外牆磚。
地板土層的部分，全面採用水泥砂漿覆蓋，完全防止從土中釋放的潮氣，是抗震、防潮的構造。
外牆為兩塊磚寬（410～440㎜），為了彌補磚建築結構自身的弱點，在砌磚之間水平方向上敷設帶鋼，在牆體的交錯部位豎立垂直方向的鋼筋，將帶鋼緊固為＃（銳角）型，使各磚塊之間固定。因此在建成後，雖歷經男鹿海地震和日本海中部地震等強度較大的地震，建築物依然牢固沒有一絲裂紋。
