在佐竹家转封到秋田藩之前，藩内有几座矿山被开发，但采矿业却说不上是兴盛。到了佐竹家转封后，秋田的采矿业却极为兴盛，甚至在当时的常陆流传过这样的话：「常陆的金矿银矿通过地底全部都跑去秋田了…」。初代藩主义宣，在他转封之后的庆长11年(公元1606年)时发现了院内银山；二代义隆的时期原本被当作金矿山来开发的阿仁矿山是被发现有成为铜矿山的可能性等，于是这两大矿山便成为往后藩政的财力来源。院内银山和阿仁矿山虽都在藩政末期时产量衰退，但是持续在开发，之后这两大矿山被明治政府所接管。
院内银山的坑内作业图 秋田大学矿业博物馆藏
院内银山的极盛时期约是天保7年(公元1836年)开始的约十年间，甚至曾有一个月的产量有超过100贯(375kg)的好景气一直持续着。当时的户数4,000户、人口有15,000人，其繁盛热闹的程度可以说是快要比得上久保田的城下町。这图被制造在安政3年（公元1858年），详细地描写着矿山内的作业样子。
阿仁矿山绘图 秋田大学矿业博物馆藏
在藩政以前(佐竹家接管以前)，阿仁矿山作为金矿山广为人知，但在宽文10年(公元1670年)来自大阪的吹屋(精炼矿物的业者)，有位名为北国屋吉右卫门之人将其作为铜山来开发，这之后便由藩接手经营。阿仁铜山在当时和伊予的别子铜山(位于今日的爱媛县东部)，并称为日本两大铜山；当时18世纪提供给幕府御用的铜矿总额中有约38%产自于阿仁矿山。