对于秋田县民来说日本叉牙鱼可说是不可或缺的存在，但究竟是何时开始捕获的呢？这要追溯到公元1579年；当时正值秋田藩主佐竹家族转封到秋田之际，在庆长2年到4年(公元1579~1599年)的三年间有记录显示，从男鹿、能代地区搬运了鲑鱼、鳕鱼和日本叉牙鱼等水产（「栗山二藏肴算用状」秋田家文书）；其量约160駄（駄是指一批马能够搬运的重量单位）。另外，同样是秋田家文书的「大高甚介诸役算用状」中记录着在八森村（如今的八峰町）中有39艘捕获日本叉牙鱼的渔船，以及总共上缴了1550桶的叉牙鱼。而这些文书记录中称日本叉牙鱼为「神鱼」，同时可以在记录中确定当时便称这种鱼为日本叉牙鱼。已如今留存下来的文书而言，这是年代最久远的记录；但是并不可能一开始就捕获到如此庞大的量，因此被认为或许在更早之前就有捕获日本叉牙鱼的可能性。至于捕获日本叉牙鱼的方式又是什么呢？日本藩政时期（公元16~18世纪）的渔获方式有，拉网（地引网）、小拉网、投网、捞网等，其中最常使用的便是拉网。当时藉由马来运输的方式持续到了明治时期，特别是对于农闲时刻的农家们来说，是冬季重要的收入来源。为了迎来新年、为了养家活口，农民在寒冷的雪中带着马彻夜的行走。而这样的风景却在明治38年随着火车的奥羽本线开通，以及大正时期动力船的普及之后，渐渐变成了近代的运输方式。但是在这样的改变之中，唯独男鹿和八森持续使用着圆木舟或小木船等，直至战后时期。这是因为在沿岸的海域有许多暗礁，相较于大船，小船更容易操控，非常的坚固也耐波浪的冲击。如今的捕鱼作业则会在日本叉牙鱼生存的外海使用底拖网（一种将渔网放置在海底来打捞的方式。）、小型定拖网（一种将鱼网设置在水中并且让它漂流一阵子的捕鱼方式。）；或是因日本叉牙鱼为了产卵而靠近沿岸地区，则在沿岸设置小型的定置网或是扎网，无论是哪种，如今在下网不久后便能迅速的将新鲜的日本叉牙鱼送至大家的餐桌上。
底拖网
利用底拖网方式捕鱼的渔业，撇除其禁渔的期间（7~8月），几乎可以说是通年都可以捕鱼。渔夫们会配合着时节，在水深80～400ｍ之间进行着捕鱼的作业。到了11月更是会瞄准准备接近岸边的大量日本叉牙鱼，来设置渔网。
扎网
就如其名，透过鱼扎进网中的方式来捕鱼。只需要少数人便可以操作，同时有着渔具的经费也很便宜的优点；但是有需要一一将扎进网中的日本叉牙鱼与渔网分开的缺点。
小型定置网（日本叉牙鱼建网）
是以接近岸边的日本叉牙鱼群为主要捕获目标，会在距离岸边300ｍ、水深5ｍ以下的浅滩处作业。因为网子较小，要是察觉到海况不平静能够迅速的撤离是它的优点。会根据海底的地形或是海藻生长处的状况，而改变渔获量。到了渔获最繁盛的时期，甚至会不分昼夜的在工作。