對於秋田縣民來說日本叉牙魚可說是不可或缺的存在，但究竟是何時開始捕獲的呢？這要追溯到西元1579年；當時正值秋田藩主佐竹家族轉封到秋田之際，在慶長2年到4年(西元1579~1599年)的三年間有記錄顯示，從男鹿、能代地區搬運了鮭魚、鱈魚和日本叉牙魚等水產（「栗山二藏肴算用狀」秋田家文書）；其量約160駄（駄是指一批馬能夠搬運的重量單位）。另外，同樣是秋田家文書的「大高甚介諸役算用狀」中記錄著在八森村（如今的八峰町）中有39艘捕獲日本叉牙魚的漁船，以及總共上繳了1550桶的叉牙魚。而這些文書記錄中稱日本叉牙魚為「神魚」，同時可以在記錄中確定當時便稱這種魚為日本叉牙魚。已如今留存下來的文書而言，這是年代最久遠的記錄；但是並不可能一開始就捕獲到如此龐大的量，因此被認為或許在更早之前就有捕獲日本叉牙魚的可能性。至於捕獲日本叉牙魚的方式又是什麼呢？日本藩政時期（西元16~18世紀）的漁獲方式有，拉網（地引網）、小拉網、投網、撈網等，其中最常使用的便是拉網。當時藉由馬來運輸的方式持續到了明治時期，特別是對於農閒時刻的農家們來說，是冬季重要的收入來源。為了迎來新年、為了養家活口，農民在寒冷的雪中帶著馬徹夜的行走。而這樣的風景卻在明治38年隨著火車的奧羽本線開通，以及大正時期動力船的普及之後，漸漸變成了近代的運輸方式。但是在這樣的改變之中，唯獨男鹿和八森持續使用著圓木舟或小木船等，直至戰後時期。這是因為在沿岸的海域有許多暗礁，相較於大船，小船更容易操控，非常的堅固也耐波浪的衝擊。如今的捕魚作業則會在日本叉牙魚生存的外海使用底拖網（一種將漁網放置在海底來打撈的方式。）、小型定拖網（一種將魚網設置在水中並且讓它漂流一陣子的捕魚方式。）；或是因日本叉牙魚為了產卵而靠近沿岸地區，則在沿岸設置小型的定置網或是扎網，無論是哪種，如今在下網不久後便能迅速的將新鮮的日本叉牙魚送至大家的餐桌上。
底拖網
利用底拖網方式捕魚的漁業，撇除其禁漁的期間（7~8月），幾乎可以說是通年都可以捕魚。漁夫們會配合著時節，在水深80～400ｍ之間進行著捕魚的作業。到了11月更是會瞄準準備接近岸邊的大量日本叉牙魚，來設置漁網。
扎網
就如其名，透過魚扎進網中的方式來捕魚。只需要少數人便可以操作，同時有著漁具的經費也很便宜的優點；但是有需要一一將扎進網中的日本叉牙魚與漁網分開的缺點。
小型定置網（日本叉牙魚建網）
是以接近岸邊的日本叉牙魚群為主要捕獲目標，會在距離岸邊300ｍ、水深5ｍ以下的淺灘處作業。因為網子較小，要是察覺到海況不平靜能夠迅速的撤離是它的優點。會根據海底的地形或是海藻生長處的狀況，而改變漁獲量。到了漁獲最繁盛的時期，甚至會不分晝夜的在工作。