天正五年（西元1577年），下國（小國）安東愛季將此大規模的改修後便居住在脇本城。他原本是檜山城主，在元龜元年（1570年）時統合秋田湊城後，又支配小鹿島（現于男鹿市）。從那之後，被稱為“蝦夷將軍”，以管轄蝦夷地區（古時居住在本州，東北，奧羽，北陸地方等的未開化地區）作為目標。在跟織田信長（日本戰國時代到安土桃山時代的大名、天下人，“日本戰國三傑”之一）交涉後，他入居脇本城。在全盛時期，安東的領地還擴展到茶臼館（現於秋田縣能代市）和岩倉館（現於由利本莊市）。被認為從十四世紀開始脇本城的城館便開始經營，而脇本五郎修季從愛季手中接續了城主之位。在天正十七年（1589年），脅本城成為湊合戰的戰場。因為這次的戰爭被豐臣秀吉（織田信長之後的日本戰國到安土桃山時代大名、天下人，“日本戰國三傑”之一）認為違反總無事令（規定大名間若因領土等問題起了爭執，不可進行私鬥，須由豐臣政權進行仲裁，違者將會遭受來自豐臣政權的嚴厲處罰），所以豐臣秀吉不允許當時的城主，秋田實季修改脇本城。近世時代（大概安土桃山時代到江戶時代：1573-1858年），此處被稱為大平城跡或生鼻城跡，但在文化七年（1810年）的大地震時，生鼻海岬約有700公尺沒入海中。現在被認為是本丸的地域裡，土壘，塹，水井跡等還殘存著，黃瀨戶（日本有名的一種瓷器），青瓷，珠洲陶瓷器（石川縣特產的一種瓷器）等也陸續出土。
